El 30 de junio de 1810, por decreto de la Primera Junta, redactado por Mariano Moreno, el Coronel Martín Jacobo Thompson es nombrado primer Capitán de Puerto de las Provincias Unidas del Río de la Plata.

     Este hito histórico equivale al acta de nacimiento oficial de la actual Prefectura, siendo por ello que el 30 de junio de cada año, es conmemorado el Día de la Prefectura Naval Argentina.

     La Prefectura es la Autoridad Marítima Argentina por antonomasia, conforme lo consagra la Ley General 18.398, la Ley de la Navegación 20.094 y la nutrida legislación que en forma coincidente define el amplio y homogéneo perfil de sus competencias.

     Este organismo se encarga también de cumplir las funciones en ejercicio de las obligaciones del país como Estado de Abanderamiento y Estado Rector del Puerto para el registro de buques y control de condiciones de seguridad atendiendo a las leyes del país y los acuerdos internacionales.